Школа № 206, расположенная в исторической части города по праву считается одним из старейших учебных заведений Санкт-Петербурга, которое начинает свою историю с 1880 года. Здание школы является памятником архитектуры 2-й половины XIX века.

С 1880 по 1917 год в здании на Фонтанке 62 располагалось Петровское Коммерческое училище Санкт-Петербургского Купеческого Общества. Оно было создано на средства купцов Санкт-Петербурга в честь 200-летнего юбилея рождения императора Петра Великого и изначально находилось под Августейшим покровительством императорского дома Романовых.

Выпускники училища после 9 лет обучения получали образование, приравненное к курсу реальных училищ, а так же и коммерческое. С исчезновением купеческого сословия после революции в октябре 1917 года исчезло и Петровское Коммерческое училище.

В 1918 году на базе бывшего Петровского училища была образована Единая Трудовая школа Коммуна, которая в 1919 году получила название Шестая Советская школа.

В 1920 году в связи с централизацией школа была переименована в Пятую Советскую, в состав которой вошли 15 учебных заведений Санкт-Петербурга.

В 1922 году школа была переименована в 23-ю Советскую Единую Трудовую школу Первого городского района с 7-летним обучением. Школа носила политехнический характер и имела целью дать детям возможность приобретать знания и трудовые навыки, необходимые для организации своей жизни в обществе трудящихся.

В 1936 году школа была признана одной из лучших в Ленинграде по показателям в трудовом, воспитательном и образовательном процессе. В связи с чем она стала называться Первая Образцовая школа Куйбышевского района с 10-летним сроком обучения.

В 1940 году название вновь поменялось. Школе был присвоен № 206 Куйбышевского района г. Ленинграда.

С 1943 по 1954 год в школе обучались только мальчики и ее название было Мужская средняя школа № 206. Совместное обучение мальчиков и девочек было введено в 1955 году.

С 1958 года по 1964 год школа была общеобразовательной 11-леткой № 206 с производственным обучением.

С 1964 года по 1968 год школа № 206 была 8-летней.

С 1968 года после введения 10-летнего обучения, школа № 206 Куйбышевского района г. Ленинграда стала 10-летней.

В 1989 году после переименования Ленинграда в Санкт-Петербург и введения 11- летнего обучения, школа стала называться средней общеобразовательной № 206 Центрального района Санкт-Петербурга.